Nextflow ben írt könyvtárak

rnaseq

RNS szekvenálási elemzési folyamat STAR, RSEM, HISAT2 vagy Lazac felhasználásával, gén/izoforma számmal és kiterjedt minőségellenőrzéssel.
  • 646
  • MIT

patterns

A Nextflow megvalósítási minták válogatott gyűjteménye (a nextflow-io által).
  • 281
  • MIT

sarek

Elemzési folyamat a csíravonal vagy szomatikus változatok kimutatására (előfeldolgozás, változathívás és megjegyzések) a WGS-ből / célzott szekvenálás.
  • 256
  • MIT

chipseq

ChIP-seq csúcshívás, minőségellenőrzés és differenciálelemzési folyamat.
  • 149
  • MIT

atacseq

ATAC-seq csúcshívási és minőségellenőrzési folyamat.
  • 142
  • MIT

mag

A metagenomok összeállítása és összevonása.
  • 134
  • MIT

eager

Teljesen reprodukálható és korszerű ősi DNS-elemző csővezeték.
  • 96
  • MIT

configs

Konfigurációs fájlok, amelyek a különböző intézmények számítási környezeteire jellemző paraméterek meghatározására szolgálnak (nf-core segítségével).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Az RNAseq pipeline koncepciójának bizonyítéka.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) bevált gyakorlatok munkafolyamata ritka betegségek esetén.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Precíziós HLA gépelés a következő generációs szekvenálási adatokból.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Az RNA-Seq koncepcionális bizonyítéka a Nextflow-val.
  • 28

GATK

Germline Variant Calling Nextflow Pipeline a GATK4 legjobb gyakorlatai alapján.
  • 11